Kurikulum SMP Negeri 3 Pagentan dirancang untuk mendukung pengembangan akademik, karakter, dan keterampilan siswa sesuai dengan standar nasional pendidikan. Mengacu pada Kurikulum Merdeka, program pembelajaran menekankan pendekatan berbasis proyek, eksplorasi, dan kreativitas. Mata pelajaran inti mencakup Bahasa Indonesia, Matematika, IPA, IPS, dan Pendidikan Agama, dilengkapi dengan pendidikan seni, olahraga, dan keterampilan. Selain itu, siswa didorong untuk aktif dalam kegiatan ekstrakurikuler seperti pramuka, seni, dan olahraga. Program khusus seperti Tilawah, Taqlim, dan Sedekah (TTS) juga diterapkan untuk memperkuat nilai-nilai spiritual dan sosial. Kurikulum ini bertujuan mencetak siswa yang berprestasi, berbudi pekerti luhur, dan siap menghadapi tantangan global.